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目標區域高通量測序介紹
目標區域高通量測序是一種高度特異和靶向的方法，是指采用各種技術手段將待檢測的目標區域富集之后，進行高通量測序的研究策略。目標區域的高深度測序可以有效識別基因的變異并對其進行特征譜分析，通常用于分析特定基因組區域中的DNA變異，尤其是腫瘤的基因組研究。
目標區域高通量測序的策略與區別
| 液相雜交捕獲 | 擴增子測序 |
富集策略 | 探針雜交 | 多重PCR |
適用范圍 | 100k<目標區域<100M | 目標區域<100k |
檢測變異類型 | SNP、大片段Indels、融合基因、基因擴增等。 | SNP、小片段Indels、基因擴增等 |
核酸起始量 | 100-200ng | 50-100ng |
優勢 | 發現新的SNP、融合基因、大片段Indels等 | 常用于發現低頻突變(低于0.1%)，可用于ctDNA的研究 |
制約因素 | 探針捕獲效率 | panel擴增均一性 |
擴增子測序
原理：通過設計目標基因組區域的引物，經多重PCR反應擴增將目標區域DNA富集純化后，進行高通量測序和數據分析。通常用于擴增區域較小（<100k）的情況。
技術流程
技術優勢
目標區域小，測序成本較低，測序深度通常可高達10000X（常規全外顯子組測序為100X），因此可以發現低頻的突變。
可選panel：包括現成產品（適合不同腫瘤的基因組合）和個性化定制兩種
Panel類型 | 50 gene | BRCA1/2 | 定制 |
適用腫瘤 | 所有腫瘤 | 乳腺癌 | 覆蓋基因組
|
覆蓋區域 | 熱點突變區 | 全外顯子區 | |
擴增子數目 | 207 | 148 | |
Panel大小 | 40K | 17K |
panel名稱 | 適合腫瘤 | 適用樣本 | 應用 |
50 gene panel (可定制) | 所有腫瘤 | FFPE | 從腫瘤組織切片中檢出腫瘤特異性低頻突變，可以應用于腫瘤患者的靶向用藥指導、晚期患者的監測、個體化治療的療效評估等。 |
血漿（ctDNA） | 從ctDNA檢出腫瘤特異性低頻突變，可以應用于腫瘤的超早期篩查、腫瘤患者的靶向用藥指導、晚期患者的監測、個體化治療的療效評估等。 | ||
BRCA1/2 panel | 乳腺癌 | 全血 | 檢測乳腺癌BRCA1/2易感基因上存在的致癌熱點突變。 |
樣品要求
1、樣品純度要求：OD值應在1.82.0之間；電泳檢測無明顯非特異性雜帶，PCR產物條帶清晰、完整。
2、樣品濃度：純化后PCR產物濃度不低于5 ng/ul。
3、樣品總量：樣品總量不低于200ng。
4、樣品信息：請提供DNA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據。
服務流程
1、提交項目課題相關需求和資料。
2、與我們的專業技術團隊討論項目細節。
3、根據討論后的意見對實驗方案進行修改。
4、雙方均滿意并達成一致，簽訂技術服務合同。
5、開展實驗，按期完成合同規定的內容。
6、結題，提供實驗原始結果和分析結果、實驗流程、實驗條件等等。
我們的優勢
1、游離DNA純化技術能有效去除基因組DNA污染，使定量更準確。
2、擴增子生成技術提高了擴增子生成的均一性，降低測序成本。
3、低頻突變生物分析技術能有效在背景中檢出相關低頻突變。
4、為了克服PCR擴增中引入的人源誤差，在進行任何擴增之前加入UMIs（unique molecular indices），從而保留起始DNA分子的wei一性并克服PCR擴增帶來的假陽性問題，以及文庫構建過程中引入的偏差。
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